日本人的起源，有很多说法，其中一种是徐福东渡，率领3000童男童女，出海为秦始皇寻找长生不老药，后来这些人在日本生根，成为了日本人的祖先。韩国学者说，从地理位置看，日本人祖先是韩国人。那么日本人的祖先到底是谁呢？
根据2019年最新的DNA定序，现代的日本人有90%弥生人和10%绳纹人的血统。一万年前，日本与亚洲大陆是连在一起的，一些东亚人顺着朝鲜半岛与库页岛来到日本，他们生活在九州、四国、本州这些地方，这就是最早生活在日本的蝦夷人。那时的东亚大陆，中华文明还没有形成，蝦夷人也不是中国人。
冰河时期以后，日本列岛与大陆分离，蝦夷人从此过上了与世隔绝的生活。蝦夷人使用陶器，器外有像绳子一样的纹饰，被称为绳纹时代，绳纹人。公元前五世纪，中国进入了战国时代，华夏文化也基本形成，一些大陆人从朝鲜半岛渡过海峡来到日本，也带来了先进农耕文化，最早在九州北部出现的农耕文明，并不是土著的蝦夷人发明出来的。这个时候的陶器，后来在东京的弥生町发现，这个历史时期也被称为弥生时代。弥生人很快从九州扩展到几乎整个日本列岛。与原本的绳纹人繁衍生息。
公元前一世纪，日本岛出现了一些国家，如奈良地区的邪马台国，九州的伊都国，奴国等。到公元3世纪出现了统一大和国，日本进入了大和时代，大和民族也开始形成。
根据全基因组分析，绳纹人来源复杂，由好几个族群组成，如来自西伯利亚、东北亚以及青藏高原，还有台湾的阿美族、泰雅族等都有关系。弥生人也不是单一族群，他们原来居住在朝鲜半岛、长江三角洲等地区。日本人是绳纹人与弥生人混居的后代，日本出现人类至少有3万年，这样看，徐福肯定不是日本人的祖先了。