实务中，有些企业试图通过设立分公司的方式进行税务筹划，以为规模分散后，增值税可以按小规模纳税人的征收率计税，企业所得税可以按小微企业的优惠税率缴纳等。
这种筹划方式是否合理且恰当，需要先了解一些总分机构的税务知识。
一、总分公司独立核算和非独立核算的区别
实务中设立分公司后，首先需要考虑的问题就是分公司选择独立核算还是非独立核算。
很多人认为非独立核算的分公司不用建账，这个理解是错误的；事实上，分公司采用独立核算或非独立核算只是税务上的规定。
在进行分公司税务登记时要报备核算方式，备案登记时除一般资料外，登记为非独立核算的一般还需要由总部出具非独立核算的证明。
而在会计上，无论分公司是否独立核算，都要求单独建账，区别在于非独立核算的分公司，所有账务需要汇总到总公司核算。
判断独立核算和非独立核算的关键，在于分公司是否从事经营活动（销售货物或提供应税劳务），以及是否在当地缴纳增值税。
1、独立核算
独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。
一般情况下，在当地负有流转税纳税义务，需要登记为独立核算性质的分公司。
简单来说，只要在当地从事经营活动的，都需要登记为独立核算分公司。
2、非独立核算
非独立核算又称报账制，它本身没有资本，其财产物资由上级单位拨付，也没有独立的银行账户，其一切收入均存入上级单位账户，一切支出也由上级单位审核支付。
如果分支机构在当地不从事经营活动，只是负责联络、售后服务等业务，在当地不涉及流转税的缴纳，可以登记为非独立核算性质。
二、总公司是一般纳税人，分公司能否是小规模纳税人
由于独立核算的分公司，增值税都在当地缴纳，因此分公司是一般纳税人还是小规模纳税人与总公司的增值税纳税人类型没有关系。
总公司是一般纳税人的情况下，如果分公司没有达到一般纳税人的认定条件，是可以登记成为小规模纳税人的。
所以，一些进项不多的企业，为了降低增值税税负，可以考虑成立多个分公司，业务分流后，按小规模纳税人缴纳增值税。
最典型的例子，就是代加工行业。这个行业的成本基本上来自于没有进项的人工费，一般纳税人税率13%，小规模纳税人征收率3%。如果通过设立小规模纳税人的分公司，可以节税约10%。
三、分公司能否单独按小微企业申报缴纳企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
由于分支机构不具有法人资格，其经营情况应并入企业总机构，由企业总机构汇总计算应纳税款，并享受相关优惠政策。
财税[2019]13号文件发布后，小型微利企业大幅扩围，对于初创企业，大多都能符合小型微利企业的条件，享受实际5%-10%的优惠税率。但是对于有些大型企业，尤其是上文案例所说的这种业务遍布全国各地的企业，可能并不符合小微企业的条件。
为了降低企业所得税税负，不少企业也开始在总分公司上想办法。然而，与增值税不同的是，分公司并不能让企业少交企业所得税。
因为，在企业所得税上，总分公司是汇总纳税的。设立分公司，让分公司按小微企业优惠税率申报所得税，是不可行的。
四、如果想要通过业务分流达到减轻所得税税负的目的，应该设立子公司
母子公司之间，分别是单独的法人主体和纳税主体，可以分别适用小微企业优惠政策，在节税方面，更优于总分公司。缺点在于母子公司管理成本和披露成本略高一些，比如要有专门的管理部门，要编制合并报表，以及报送关联报表等。