1689年9月7日，中俄双方最终签订了《尼布楚条约》，条约拟成了汉、俄、满、蒙、拉丁语五种文字的版本，拉丁文版为正本。条约主要包括六项内容：
第一，俄中有关西伯利亚与满洲里的边境分界线，黑龙江的额尔古纳河附近的格尔必齐河，河水绵延的水源，一直到东海岸所绵亘之外兴安岭山脉划定为俄罗斯的国土。
第二，雅克萨建造的堡砦，由于战事基本被毁坏，居住再此的俄国人，携其财产回到国内。如果跨越国界捕猎，将会被予以严惩。
第三，中俄两国国民，无论在哪国，只有开展贸易，才能取得通关证件。
第四，中俄两国不得容他国的逃亡者、逃兵，如果有逃亡者、逃兵，所在地应立即捕俘，交付于中俄边境的官衙。
第五，中俄两国现居他国领土内的国民，仍在原处居住。
第六，中俄两国一切过去的事，从此彻底了结，永远忘记，禁留记忆。